Члены Русского Императорского Общества считали, что основными задачами зоосада являются следующие:

- Сбор живых представителей высших позвоночных животных (в первую очередь – русской фауны) для научных наблюдений;
- Составление коллекции типичных животных, которые могли бы служить общеобразовательным целям, т.е. распространению среди публики зоологических знаний;
- Проведение научных опытов и наблюдений над полезными в практическом отношении животными, в особенности над домашними животными выдающихся русских пород.

Носорог, подаренный Великим князем Константином

Финансирование Зоосада осуществлялось за счет выручки от входной платы и благодаря частным пожертвованиям, в том числе вкладам членов императорской семьи. В первые годы жители столицы охотно приходили в зоопарк, и ежегодное число посетителей достигало десяти тысяч. Люди имели возможность ознакомиться с внушительной для того времени коллекцией, насчитывающей в 1864-65 годах 134 экземпляра домашних и 160 диких животных.

Однако доходы не окупали расходов Зоосада, которому не хватало денег на приобретение и содержание животных, ремонт и строительство зданий, клеток и вольер. У Зоосада образовались огромные долги. Городская Управа отказалась предоставлять помощь, поэтому Общество было вынуждено сдать Зоосад в аренду частным предпринимателям – семье Рябининых. За четыре года своего хозяйствования Рябинины довели Зоосад до разорения. Он был превращен в чисто зрелищное увеселительное заведение. В 1878 году Зоосад вернули в распоряжение Общества акклиматизации животных и растений, и вновь начались сборы денежных средств. На некоторое время Обществу удалось оживить деятельность Зоосада, были даже приобретены новые животные, но наступил 1905 год – и Зоосад оказался в центре революционных боев. Он сильно пострадал: были разрушены здания, сгорела библиотека, погибли многие животные. И опять Обществу акклиматизации животных и растений пришлось передать Зоосад в частные руки.

После Октябрьской революции Общество прекратило свое существование, а в 1919 году Зоосад был национализирован. В 1922 году он был передан в ведение Моссовета и с тех пор финансируется городскими властями. Площадь Зоосада была увеличена почти вдвое.