Пруд Новой территории выделяется обилием заросших кустарником островов. Здесь, на островах, расположены все гнездовые домики для водоплавающих птиц Гнездящиеся на островах птицы чувствуют себя значительно спокойнее, чем на берегу. Возможно, именно поэтому на пруду новой территории гнездятся редкие колониальные птицы – белощекие казарки. Это – некрупный гусь, имеющий контрастное черно-белое оперение. Населяет северо-восточное побережье Гренландии, Шпицберген, в России – южный остров Новой Земли и остров Вайгач. Зимуют эти птицы в Западной Европе.

Для гнездования белощекие казарки предпочитают горные ландшафты и скалистые берега ручьев и озер. Гнездятся эти казарки колониями по 6-10 и до 75 пар, на расстоянии нескольких десятков метров друг от друга. Белощекие казарки охотно селятся близ гнезд соколов-сапсанов, колоний кайр и моевок, которые, активно защищая свои гнезда, охраняют и казарок. Вид включен в Красную книгу России. Здесь же, в дуплянках, развешанных по берегам пруда, гнездится большинство зоопарковских гоголей. В природе гоголя гнездятся только в дуплах больших деревьев. Возможно, с дефицитом мест гнездования связана жесткая территориальность этого вида. После спуска птенцов на воду каждый выводок гоголя занимает определенную часть пруда и очень агрессивно реагирует на появление там других гоголей. Поэтому на пруду может вырасти не более 2-3 выводков.

На пруду Новой территории живут так же черношейные лебеди, белые гуси и многие другие водоплавающие птицы. В жаркие летние дни, привлекая внимание публики, к поверхности воды поднимаются многочисленные стаи крупных карпов.