Научная библиотека зоопарка содержит более 10 тысяч печатных изданий, собранных за годы существования зоопарка. Здесь хранятся труды по зоологии начала века, обширная подборка литературы 30-х – 50-х годов по паразитам диких животных – наследие работавшей в зоопарке лаборатории гильментологии, классические труды и учебники последних лет издания, много зарубежных изданий и, конечно, наиболее полная подборка трудов, изданных самим зоопарком.

Зоопарк получает отечественные журналы по зоологии («Зоологический журнал», «Реферативный журнал») и многие периодические издания, выпускаемые зарубежными зоопарками.

Регулярно фонд библиотеки пополняется новейшей специальной литературой.

В последние годы библиотеке зоопарка были переданы два значительных частных собрания – подборка изданий зоопарков мира, собранная за многие годы С.М.Кудрявцевым и одно из крупнейших в нашей стране частных собраний зоологической литературы – библиотека профессора В.Е.Флинта. После того, как все эти издания будут внесены в каталоги и станут доступными читателям, фонды библиотеки Московского зоопарка увеличатся почти на треть.

Постоянные читатели библиотеки – около ста сотрудников зоопарка, получают здесь литературу, необходимую им в работе. В случае отсутствия в библиотеке нужной книги, ее заказывают через Межбиблиотечный абонемент.

Начата работа по созданию компьютерного каталога библиотеки, который впоследствии будет доступен пользователям ИНТЕРНЕТ.